內設科室：

　辦公室：主要職能為協調局機關和直屬單位工作，督促重大事項落實；承擔局機關會務、文電、機要、檔案、保密、統計、安全保衛(wèi)等日常事務工作；承擔政府信息公開、辦公自動化、效能建設、精神文明建設、提案議案、信訪、督查等工作；按管理權限負責人事管理、國有資產、財務管理、計劃生育及離退休人員管理以及各縣（市、區(qū)）環(huán)保局領導干部雙重管理工作；參與處理涉外的環(huán)境保護事務，協助處理突發(fā)、緊急事件。

　　政策法規(guī)科：主要職責：組織環(huán)境保護政策調研，擬訂我市環(huán)境保護綜合性政策和規(guī)范性文件，負責本局有關規(guī)范性文件的合法審核；擬訂并實施全市環(huán)境保護科技政策、規(guī)劃、計劃，組織協調環(huán)境保護科學研究、技術引進、科技攻關和技術工程示范；組織本局環(huán)境保護行政處罰、行政復議、行政賠償和應訴等工作；組織全市環(huán)境保護執(zhí)法檢查，參與跨區(qū)域、跨流域重大環(huán)境問題和重大環(huán)境污染事故的調查處理；檢查環(huán)境保護政策法規(guī)和規(guī)范性文件的落實情況，實施和指導市長、縣（市、區(qū)）長環(huán)保目標等考核工作；負責審核全市環(huán)境保護資質認可工作；組織實施環(huán)境保護國家標準與行業(yè)標準，推動環(huán)保產業(yè)發(fā)展，指導市環(huán)境保護學會（協會）開展工作。承擔市環(huán)委會辦公室和局法制工作委員會的日常工作。

　　污染物排放總量控制科：主要職能為根據國家和省里要求，組織實施全市主要污染物排放總量控制、排污許可證制度；擬訂并組織實施全市污染減排規(guī)劃、計劃，承擔減排監(jiān)督核查組織工作以及牽頭協調減排監(jiān)測體系建設；負責環(huán)境統計、污染源普查和政府績效考核環(huán)保指標采集等工作；負責交通整治、機動車污染防治管理；承擔市主要污染物總量減排領導小組辦公室日常工作。

　　污染防治科：主要職責：組織開展地方環(huán)境綜合分析研究；監(jiān)督管理全市大氣、噪聲、惡臭、重金屬、固體廢物、化學品的污染防治；負責企業(yè)上市審查及清潔生產審核，指導企業(yè)開展清潔生產工作；組織實施城市、縣城環(huán)境綜合整治及定量考核，指導縣（市）級環(huán)保模范城市創(chuàng)建工作；組織實施重點區(qū)域環(huán)境整治、危險廢物監(jiān)督管理和重點污染源限期治理；負責限制類可利用固體廢物進口申請初審工作；承擔醫(yī)療廢物處置經營許可，拆除閑置污染防治設施許可和向大氣排放轉爐廢氣、電石氣、電爐法黃磷尾氣、有機烴類尾氣許可相關工作；負責環(huán)境安全和安全生產的環(huán)境保護工作，牽頭協助政府處理全市環(huán)境污染事故，指導地方政府突發(fā)環(huán)境事件的應急、預警工作；組織和指導污染防治設施運行情況檢查，指導和協調解決跨區(qū)域環(huán)境污染糾紛；參與推動再生資源回收利用和循環(huán)經濟的發(fā)展;承擔泉州市國家環(huán)保模范城市復查迎檢領導小組辦公室及全市突發(fā)環(huán)境事件應急工作領導小組辦公室日常工作；負責其他各類城市創(chuàng)建（衛(wèi)生城市、園林城市、文明城市等）環(huán)保相關工作；配合開展城市聯盟、誠信泉州、和諧企業(yè)、文物保護、再生資源回收、食品安全、餐桌污染、職業(yè)危害、整頓和規(guī)范市場經濟秩序、市場化（價格聽證）等工作。

　　環(huán)境影響評價科：根據國家、省有關建設項目環(huán)境保護管理政策、法規(guī)等要求，擬訂全市建設項目環(huán)境保護管理規(guī)范性文件，并監(jiān)督執(zhí)行；負責規(guī)劃環(huán)境影響評價、項目環(huán)境影響評價審查、審批；組織實施建設項目環(huán)境保護竣工環(huán)保驗收；根據局授權行使市行政服務中心環(huán)保窗口日常管理職能；配合上級環(huán)保部門對全市環(huán)境影響評價機構資質和相關職業(yè)資格的管理工作；參與組織重點環(huán)境治理工程以及重大環(huán)境問題的調查處理；配合開展港口建設、外經工作、工業(yè)區(qū)管理、“9.8”洽談會、“6.18”項目成果交易會等工作；承擔本局建設項目環(huán)境保護審查委員會日常工作。

　　水環(huán)境監(jiān)督管理科：擬訂水污染防治的政策措施并組織實施水污染防治；負責全市地表水環(huán)境功能區(qū)劃分工作；組織實施全市飲用水水源保護區(qū)劃定工作；會同有關部門制定實施全市飲用水源水源地環(huán)境保護規(guī)劃、重點流域水污染防治規(guī)劃、近海水域水環(huán)境污染綜合整治規(guī)劃，監(jiān)督檢查規(guī)劃實施情況；組織實施重點流域跨縣（市、區(qū)）界水質考核評估，牽頭協助政府處理重大地表水水環(huán)境污染事故及跨界水環(huán)境污染糾紛；指導、協調和監(jiān)督全市海洋環(huán)境保護工作，監(jiān)督管理海岸工程、陸源污染、拆船等海洋環(huán)境污染防治工作；配合開展小水電清理；承擔市重點流域環(huán)境污染綜合治理領導小組辦公室、市近海水域水環(huán)境污染綜合治理領導小組辦公室日常工作。

　　自然生態(tài)保護科：主要職責：組織實施自然生態(tài)保護規(guī)章和政策；組織編制我市生態(tài)保護規(guī)劃、自然保護區(qū)規(guī)劃；對全市自然保護區(qū)的保護工作進行監(jiān)督，提出新建市級自然保護區(qū)相關方面的審批建議；監(jiān)督自然資源開發(fā)活動中的環(huán)境保護；指導和監(jiān)督礦區(qū)復墾、生態(tài)破壞恢復整治、荒漠化防治和濕地環(huán)境保護工作；組織編制并實施全市環(huán)境保護規(guī)劃，審核環(huán)境保護專項規(guī)劃以及綜合性規(guī)劃中的環(huán)境保護內容；組織編制全市環(huán)境功能區(qū)劃，參與制定全市主體功能區(qū)劃；管理有關環(huán)保項目、資金，配合有關部門做好組織實施和監(jiān)督工作；組織擬訂生物多樣性保護計劃負責生物技術環(huán)境安全；指導、協調和監(jiān)督全市農村生態(tài)環(huán)境保護工作，指導全市生態(tài)示范區(qū)建設和生態(tài)農業(yè)建設；配合開展生態(tài)市、小城鎮(zhèn)建設、畜禽養(yǎng)殖污染治理、農業(yè)污染治理、礦山治理等工作；負責土壤污染狀況調查工作；承擔核安全、輻射環(huán)境等日常管理，參與輻射環(huán)境事故應急處理、核事故應急處理工作；牽頭協助政府處理重大生態(tài)環(huán)境破壞事件；監(jiān)督執(zhí)行國家、省環(huán)境監(jiān)測制度，指導全市環(huán)境監(jiān)測網建設、隊伍建設和業(yè)務工作；組織編制和發(fā)布全市環(huán)境狀況公報等環(huán)境信息。

　機關黨總支：負責機關和直屬單位黨群工作。